Jekyll sinh ra tại đường Grafton nhà số 2, Mayfair, London, là con thứ năm trong số bảy người con của Đại úy Edward Joseph Hill Jekyll, Esquire, một sĩ quan trong Đội cận vệ Grenadier, và vợ của ông là Julia, nhũ danh Hammersley. Năm 1848, gia đình bà rời London và chuyển đến Bramley House ở Surrey, nơi bà trải qua thời niên thiếu ở đó. Bà chưa bao giờ kết hôn và không có con.